Fizik biliminin en temel yasalarından biri olan Termodinamiğin İkinci Kanunu, evrendeki tüm sistemlerin zamanla düzensizliğe, dağınıklığa ve bozulmaya doğru ilerlediğini ifade eder. Bu yasa, canlı veya cansız her varlığın, doğal süreçlerin etkisiyle aşınıp yok olacağını bilimsel olarak ortaya koyar. Entropi Kanunu olarak da bilinen bu ilke, bir sistemin düzenli ve organize bir yapıdan düzensiz ve plansız bir yapıya geçişini tanımlar. Bir sistemdeki düzensizlik arttıkça, entropi seviyesi de artar. Bu temel yasa, evrenin geri dönüşü olmayan bir şekilde daha düzensiz bir yapıya doğru ilerlediğini kesin bir şekilde ortaya koymuştur. Albert Einstein, Termodinamiğin İkinci Kanunu’nu "bütün bilimlerin birinci kanunu" olarak tanımlamış ve bu yasanın evrendeki hükmedici düzenin temelinde yer aldığını belirtmiştir. Sir Arthur Eddington ise bu yasayı "evrenin en üstün metafizik kanunu" olarak nitelendirmiştir. Bu bağlamda Termodinamiğin İkinci Kanunu, fiziksel dünyanın temel işleyişini açıklamada vazgeçilmez bir role sahiptir. Evrim teorisi, basit ve düzensiz moleküllerin zamanla daha kompleks, düzenli ve organize yapılar oluşturduğunu iddia eder. Ancak bu süreç, Termodinamiğin İkinci Kanunu ile açıkça çelişir. Entropi Kanunu'na göre, hiçbir sistem kendiliğinden daha düzenli ve karmaşık bir yapıya dönüşemez; aksine, zamanla daha düzensiz ve dağınık bir hale gelir. Bu durum, evrim teorisinin iddialarını bilimsel olarak tartışmalı bir noktaya taşımaktadır. Evrim teorisinin savunucuları, dünyanın açık bir sistem olduğunu ve güneşten gelen enerji akışının bu düzeni sağlayabileceğini öne sürer. Ancak enerji girişinin, bir sistemi düzenli hale getirebilmesi için belirli mekanizmaların varlığı gereklidir. Örneğin, bir araba motoru olmadan benzindeki enerjiyi kullanamaz. Benzer şekilde, canlı organizmalar, güneş enerjisini karmaşık mekanizmalar aracılığıyla kimyasal enerjiye dönüştürebilir. Fotosentez ve sindirim gibi süreçler, bu mekanizmaların en çarpıcı örnekleridir.
Evrim teorisinin Termodinamiğin İkinci Kanunu ile çeliştiğini birçok bilim insanı kabul etmiştir. J. H. Rush ve Roger Lewin gibi evrimci bilim insanları, evrim teorisinin bu yasa ile olan çatışmasını açıkça dile getirmiştir. George Stavropoulos ise hiçbir kompleks organik molekülün kendiliğinden oluşamayacağını ve Termodinamiğin İkinci Kanunu doğrultusunda parçalanmaya mahkûm olduğunu belirtmiştir. Bu durum, evrim teorisinin bilimsel bir temel üzerine oturtulmasını zorlaştırmaktadır. Jeremy Rifkin gibi evrim savunucuları ise bu çelişkiyi aşmak için evrim sürecini sihirli bir güç olarak tanımlamış, ancak bu yaklaşım bilimsel olmaktan ziyade dogmatik bir inanç olarak değerlendirilmiştir. Termodinamiğin İkinci Kanunu, evrendeki tüm doğal süreçlerin temelini açıklayan kesin bir bilimsel yasadır. Bu yasa, her sistemin zamanla daha düzensiz bir hale geldiğini ve bu sürecin geri dönüşü olmadığını açıkça ortaya koyar. Evrim teorisi ise, bu yasayla çelişen bir mekanizma öne sürerek, bilimsel açıdan aşılması zor bir engelle karşı karşıya kalmıştır. Bilimsel gerçekler, doğa yasaları ile uyumlu olmalıdır. Termodinamiğin İkinci Kanunu, evrim teorisinin iddialarını sorgulamak için önemli bir referans noktasıdır. Bu bağlamda, doğa yasalarına aykırı görünen her iddia, bilimsel olarak yeniden değerlendirilmelidir.