Evrim teorisi, tüm canlı türlerinin zaman içinde birbirinden türediğini ve uzun bir evrim süreciyle bugünkü hallerine ulaştığını öne sürer. Bu teoriye göre, mevcut türler önceki canlı türlerinin dönüşüm geçirmesiyle ortaya çıkmıştır ve bu dönüşüm milyonlarca yıl süren bir süreçte gerçekleşmiştir. Ancak, bu iddialar bilim dünyasında tartışmalara yol açmış ve özellikle fosil kayıtları üzerinden eleştirilmiştir. Evrim teorisinin temel dayanaklarından biri, ara türlerin varlığıdır. Bu ara türler, bir canlı türünden başka bir türe geçiş sürecinde olması gereken canlılardır. Örneğin, balık özelliklerine sahipken sürüngen özellikleri kazanmaya başlamış yarı balık-yarı sürüngen canlılar veya sürüngen özellikleri taşıyan ama kuşlara özgü özellikler geliştiren ara formlar bulunmalıdır. Ancak, Charles Darwin'in kendisi dahi bu tür ara formların fosil kayıtlarında bulunamamasının teori açısından büyük bir sorun teşkil ettiğini kabul etmiştir. Darwin, "Türlerin Kökeni" kitabında fosil kayıtlarının yetersiz olduğunu belirtmiş ve gelecekte yapılacak çalışmalarla bu eksik formların bulunabileceğini öne sürmüştür. Buna rağmen, 19. yüzyıldan günümüze kadar yapılan yoğun fosil araştırmaları, beklenen ara türlerin varlığına dair yeterli kanıt ortaya koyamamıştır. Bu durum, evrim teorisinin doğruluğu konusunda tartışmaları artırmış ve özellikle yaratılışçı görüşlerin savunucuları tarafından teoriye karşı bir argüman olarak kullanılmıştır. Önde gelen paleontologlardan Derek W. Ager ve Mark Czarnicki gibi bilim insanları, fosil kayıtlarında türlerin ani olarak ortaya çıktığını ve ara geçiş formlarının izine rastlanmadığını ifade etmişlerdir. Fosil kayıtlarındaki en çarpıcı bulgulardan biri, Kambriyen dönemi adı verilen jeolojik döneme aittir. Yaklaşık 520-530 milyon yıl öncesine tarihlenen bu dönemde, birdenbire çok çeşitli ve karmaşık canlı türleri fosil kayıtlarında belirmiştir. Salyangozlar, trilobitler, süngerler ve deniz yıldızları gibi omurgasız türler, daha önceki tek hücreli organizmalarla hiçbir bağlantı göstermeden birden ortaya çıkmışlardır. Bu olaya "Kambriyen Patlaması" adı verilmiş ve evrim teorisi açısından önemli bir sorun olarak değerlendirilmiştir. Trilobitlerin göz yapısı gibi bazı fosil bulgular, günümüzün en yetenekli mühendisleri tarafından tasarlanabilecek kadar ileri seviyede karmaşık olarak tanımlanmıştır. Bu tür bulgular, canlıların evrimsel bir süreçle değil, birdenbire ve eksiksiz bir şekilde yaratıldığı fikrine destek sağlayan argümanlar arasında yer alır. Fosil kayıtlarındaki boşluklar, evrim teorisinin zayıf noktalarından biri olarak görülmektedir. Amerikalı paleontolog R. Wesson, fosil kayıtlarının yetersizliğinin gerçek ve olgusal bir durum olduğunu belirtmiştir. Türlerin genellikle uzun süre boyunca sabit kaldığını ve ani değişimlerle yerlerini yeni türlere bıraktığını ifade etmiştir. Bu durum, Darwin'in öngördüğü sürekli ve kademeli değişim modeline aykırıdır. Evrim teorisi, bilim dünyasında halen geniş kabul gören bir açıklama olmasına rağmen, fosil kayıtlarındaki eksiklikler ve ani türleşme fenomeni gibi sorunlar teoriyi tartışmalı hale getirmektedir. Kambriyen Patlaması gibi olaylar, canlıların karmaşık bir düzenle birdenbire ortaya çıktığını gösteren kanıtlar sunmakta ve yaratılışçı görüşlerin tezlerini desteklemektedir. Bilimsel çalışmaların ilerlemesiyle bu konulardaki boşlukların doldurulup doldurulamayacağı ise gelecekte yapılacak araştırmaların sonucuna bağlıdır.